Мария Нахапетова, дочь Родиона Нахапетова и Веры Глаголевой, родилась 28 июня 1980 года в Москве. В раннем возрасте увлеклась рисованием и поступила в московскую художественную школу. Параллельно с этим Мария брала классы в художественном музее им. А.С. Пушкина. По окончании школы Мария поступила на художественный факультет ВГИКа, но впоследствии перевелась на режиссёрский факультет этого же института.

С 2001 по 2003 годы Мария проходила обучение в GNOMON - высшем учебном заведении Лос Анджелеса, учась трёхмерной графике и анимационному искусству.

Как художник, Мария всегда питала особый интерес к изображению домашних животных. Её «питомцы», написанные маслом на полотне, украшают стены многих престижных домов в Москве. Пробовала себя Мария и в книжной графике.

Мария неоднократно снималась в кино.

19 сентября 2007 года у Марии Нахапетовой и Евгения Дзюры родился сын Кирилл.